С июля 1942 года — на фронтах Великой Отечественной войны. К сентябрю 1943 года гвардии старший лейтенант Борис Гильдунин командовал 89-м гвардейским отдельным сапёрным батальоном 78-й гвардейской стрелковой дивизии 7-й гвардейской армии Степного фронта. Отличился во время битвы за Днепр.
Находясь в боевых порядках 225-го гвардейского стрелкового полка, Гильдунин организовал сбор подручных материалов для строительства переправы. К рассвету 25 сентября 1943 года благодаря умелому управлению Гильдуниным своим батальоном весь полк был успешно переправлен через Днепр в районе села Домотка Верхнеднепровского района Днепропетровской области.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 26 октября 1943 года за «образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками и проявленные при этом мужество и героизм» гвардии старший лейтенант Борис Гильдунин был удостоен высокого звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая звезда».
После окончания войны Гильдунин продолжил службу в Советской Армии. В 1954 году он окончил Военно-инженерную Академию. В 1965 году в звании полковника он был уволен в запас. Проживал в Москве, до выхода на пенсию работал во Всесоюзном заочном инженеро-строительном институте, был доцентом кафедры строительного производства. Скончался 6 августа 1989 года, похоронен на Митинском кладбище Москвы.
Был также награждён тремя орденами Красного Знамени, двумя орденами отечественной войны 1-й степени, двумя орденами Красной Звезды.