В 18 лет, с 5 октября 1941 года, он – курсант полковой школы 315 стрелкового полка, с 19 июня 1942 года, получив специальность наводчика 76 миллиметровой пушки, он сражается на Воронежском фронте.
1000 стрелковый полк, в котором служил младший сержант С.Я. Шнырев, оборонял Воронеж, вошел в состав Харьковского фронта с 20 февраля 1943 года. до 19 июля 1943 года шло наступление – с боями освобождали села и города. Затем артиллеристы были переданы во вновь сформированную 22 мотострелковую бригаду третьей танковой армии генерала Рыбалко. Со временем совершенствовалось боевое мастерство Сергея. Он стал командиром отделения артиллерийской разведки.
Дальше было форсирование Днепра в районе Григоровки. Полученное первое ранение и контузия с потерей речи и слуха.
Вернувшись из госпиталя в свою третью танковую армию, С.Я. Шнырев получил звание гвардейца. В составе Центрального фронта, потом преобразованного в Первый Украинский фронт генерала Конева, Сергей Яковлевич пересек границу СССР и 27 января 1945 года освобождал польский город Краков и лагерь смерти Освенцим.
В Праге гвардеец С.Я. Шнырев встретил Великую Победу