Призван на службу Сочинским ГВК в 1942 г. и был определен в 83 отдельную стрелковую бригаду морской пехоты. В августе 1942 при битве за Краснодар Борис Фёдорович получил тяжелое ранение.
С 9 февраля 1943 года Б.Ф. Бондаренко находился на Мысхако в районе Новороссийска в саперной роте. За это время он отлично овладел минно-подрывным делом. На Мысхако он сделал 5 выходов с бригадной разведкой, как лучший сапер-минер. Все минные препятствия встреченные разведкой на пути, с успехом им преодолевались. С 8 по 16 сентября 1943г. Б.Ф. Бондаренко находился в числе группы минеров в районе Станичка. 10 сентября 1943 года ночью он сделал проход для пехоты и снял 14 мин Ям-5. За проявленную храбрость и доблесть был награжден медалью «За отвагу». В 1943г. под Новороссийском получил ранение в ногу, но отказался от госпитализации.
Борис Фёдорович показал себя как исключительно смелый и решительный боец-сапер. Участвовал в разминировании минных полей с 28 января по 5 февраля 1944 года. Лично разминировал 180 штук противопехотных и противотанковых мин перед 305 фронтом. 5 раз сам добровольно изъявлял желание выдвинуться на задание командования по разведке. За проявленное мужество и бесстрашие был удостоен награды орденом «Красная звезда».
За время боевой операции на Крымском полуострове Б.Ф. Бондаренко показал себя мужественным и отважным бойцом. 26 февраля 1944 при обеспечении действия ночной разведгруппы, Бондаренко под интенсивным пулеметным огнем немцев проделал проход в проволочном заграждении противника, а 2 марта повторил свой подвиг в дневное время.
За период с 20 февраля по 3 марта 1944 года Б.Ф. Бондаренко с честью и бесстрашием трижды выполнил задание по разведке переднего края обороны противника.
11 февраля 1945 года саперной роте 305 батальона была поставлена задача пропустить батальон через минное поле противника. Ефрейтор Бондаренко руководя этой задачей умело организовал и расставил доверенных ему бойцов по участкам фронта. Его бойцы проделали 3 прохода в минных полях под сильным пулеметным огнём противника, сняли 113 штук противопехотных мин, тем самым обеспечив успешное продвижение советских войск. После этого Б.Ф. Бондаренко действовал с бойцами в боевых порядках батальона, снова показав умение в руководстве и отвагу храброго воина. В той битве отряд Бориса Фёдоровича Бондаренко взял в плен 17 немецких солдат и уничтожил 4 огневые точки.