С 2000 года Евгений Федотов командовал 487-м вертолетным полком, дислоцированным в городе в городе Буденновск Ставропольского края. Полк регулярно участвовал в выполнении боевых заданий по борьбе с вооружёнными бандформированиями в Северокавказском регионе.
8 августа 2008 года полк был поднят по тревоге в связи с воороуженным конфликтом в Южной Осетии. 9 августа командир вертолётного полка полковник Федотов во главе группы из шести вертолётов Ми-8 десантировал группу спецназа для выполнения задачи по уничтожению позиций вражеской артиллерии у южного выхода из Рокского тоннеля. Эта задача была полностью выполнена, несмотря ожесточенный зенитный огонь противника. В дальнейшем осуществлял руководство подчинёнными и лично участвовал в боевых действиях по высадке и эвакуации разведгрупп в тылу вражеских сил, доставке грузов на передовую и спасению из зоны боевых действий раненых.
За мужество и героизм, проявленные при выполнении воинского долга в Северо-Кавказском регионе, указом президента Российской Федерации от 17 февраля 2010 года полковнику Федотову присвоено звание Героя Российской Федерации.