В годы Великой Отечественной войны был заместителем командира 167-ой стрелковой дивизии, командовал 117-й стрелковой дивизией и 11-м Гвардейским стрелковым корпусом 9-й армии Северной группы войск Закавказского фронта. Корпус под командованием И. Л. Хижняка принимал участие в Северо-Кавказской наступательной операции, освобождении городов Алагир, Пятигорск, Железноводск, Невинномысск, Армавир.
В 1942 году получил настолько серьезные ранения, что в московском госпитале его посчитали безнадежным пациентом, и сняли посмертную маску. Однако он поправился, и Вера Игнатьевна Мухина слепила с него портрет. За скульптурные портреты полковников Ивана Лукича Хижняка и Бария Абдулловича Юсупова, Мухина получила в 1943 году Сталинскую премию второй степени.
В марте 1943 года был тяжело ранен. По излечении, в декабре того же года, назначен командиром 13-го стрелкового корпуса Закавказского фронта. Части корпуса под его командованием прикрывали Черноморское побережье на участке Лазаревское — Батуми.
Хижняк одиннадцать раз был ранен, восемь – контужен. С весны 1942 года воевал с одним лёгким.
С августа 1944 года и до конца войны И. Л. Хижняк – начальник тыла Закавказского фронта.